Mercator Ocean International (MOi) est une organisation à but non lucratif en passe de devenir une organisation intergouvernementale. Ses dix associés/actionnaires originaires de cinq pays, sont des acteurs scientifiques internationaux de premier plan : CMCC, CNR, CNRS, Ifremer, IRD, Météo-France, Met Office, NERSC, Puertos del Estado, SHOM.
L’organisation est gouvernée par son Assemblée Générale où sont représentés chacun des dix Associés. L’organisation est dirigée par son Directeur Général sous la supervision du Conseil de Gérance. Le Conseil Scientifique, à rôle consultatif, rapporte à l’Assemblée Générale.